RでTopological Data Analysis : パッケージ(順次更新予定)
今回は、RでTopological Data Analysis(TDA)を行うためのパッケージとその概要を紹介します。
TDAのパッケージは、Rでもいくつか開発されています。
代表的なものは{TDA}、他にも{TDAmapper}、{phom}などあるようです。
本ブログでは、{TDA}を代表例として紹介していきます。
パッケージのマニュアルはこちら
- https://cran.r-project.org/web/packages/TDA/TDA.pdf : {TDA}
- https://cran.r-project.org/web/packages/TDAmapper/TDAmapper.pdf : {TDAmapper}
- http://www2.uaem.mx/r-mirror/web/packages/phom/phom.pdf : {phom}
{TDA}
{TDA}の関数
ざっくり以下の2種類
- データ点の間の距離を計算する関数
- 単純なEuclid距離から、Kernelで重みをつけた場合もある
- Persistence Diagramを計算する関数
- 元となるPersistent Homology群の構成法が複数あるため、それに応じて関数もいくつかある
{TDAmapper}
調査次第更新
{phom}
調査次第更新
Persistence DiagramやPersistent Homology群という見慣れない言葉が出現しましたが、これは次回以降、Rでデモをやりつつ紹介していきます。