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データサイエンティスト(仮)

元素粒子理論屋。いっぱしのデータ分析屋になるために修行中です。

RでTopological Data Analysis : パッケージ(順次更新予定)

R トポロジカルデータアナリシス

今回は、RでTopological Data Analysis(TDA)を行うためのパッケージとその概要を紹介します。

TDAのパッケージは、Rでもいくつか開発されています。
代表的なものは{TDA}、他にも{TDAmapper}、{phom}などあるようです。
本ブログでは、{TDA}を代表例として紹介していきます。

パッケージのマニュアルはこちら

{TDA}

{TDA}の関数

ざっくり以下の2種類

  • データ点の間の距離を計算する関数
    • 単純なEuclid距離から、Kernelで重みをつけた場合もある
  • Persistence Diagramを計算する関数
    • 元となるPersistent Homology群の構成法が複数あるため、それに応じて関数もいくつかある

{TDAmapper}

調査次第更新

{phom}

調査次第更新

Persistence DiagramやPersistent Homology群という見慣れない言葉が出現しましたが、これは次回以降、Rでデモをやりつつ紹介していきます。